O sistema foi certificado em julho de 2013 de acordo com a norma ISO/IEC 27001:2005 e, após um ano de funcionamento, foi novamente auditado. A auditoria teve como principal objetivo garantir que o Sistema de Gestão de Segurança de Informação da APS cumpre com os requisitos da norma e a medir efetividade da melhoria continua.
O Sistema de Gestão de Segurança de Informação tem como âmbito os serviços prestados nos seguintes processos: Governação do desenvolvimento da JUP (Janela Única Portuária); Implementação, instalação e suporte da JUP; Supervisão da execução das ações de introdução de dados, integridade da informação e workflows de negócio.
