O IMT tem a missão de regular, fiscalizar e exercer funções de planeamento das atividades dos setores das infraestruturas rodoviárias e regular a atividade dos portos comerciais e transportes marítimos. Terá sob a sua alçada o conjunto dos portos nacionais, tanto no que se refere aos objetivos estratégicos como à regulação das políticas para o setor dos portos comerciais e transportes marítimos, segundo avança o diário Público.
Quanto ao setor rodoviário, este instituto irá propor medidas que tenham por objeto a gestão da rede de estruturas rodoviárias, a sua qualidade e segurança. A seu cargo estará também a garantia dos direitos dos utentes, bem como a resolução de litígios, que até agora eram da responsabilidade do Instituto das Estradas de Portugal (IEP).
