A EcoPorts, enquanto organização responsável a nível europeu pela realização de análises específicas de benchmarking portuário, atribuiu ao porto de Setúbal a nota de 94,89, numa escala de zero a cem.
Para a análise sobre o bom desempenho ambiental concorrem fatores distintos, tais como: ordenamento e usos do solo, medição da qualidade da água e do ar, metodologias de movimentação e armazenamento das mercadorias, medidas de preservação dos ecossistemas e a relação porto-cidade.

